2006年啟動的“三三制”人才培養(yǎng)方案將大學(xué)四年分成“大類培養(yǎng)”“專業(yè)培養(yǎng)”和“多元培養(yǎng)”三個階段，并將第三個“多元培養(yǎng)”階段設(shè)計為“專業(yè)學(xué)術(shù)類”“交叉復(fù)合類”和“就業(yè)創(chuàng)業(yè)類”三個發(fā)展路徑。“三三制”改革的根本就是通過大類通識培養(yǎng)階段讓學(xué)生確定明確的興趣，讓其自由選擇專業(yè)方向，把對未來發(fā)展的選擇權(quán)交給學(xué)生自己。南京大學(xué)一進校是沒有嚴格的專業(yè)帽子的，新生經(jīng)過“大類培養(yǎng)”后通過專業(yè)選擇進入“專業(yè)培養(yǎng)”階段學(xué)習(xí)，而后根據(jù)發(fā)展意愿選擇相應(yīng)路徑畢業(yè)。

按學(xué)科大類招生后，人才培養(yǎng)體系做了相應(yīng)變化，學(xué)生又增加了一次從學(xué)科類到院系的選擇機會。即將“大類培養(yǎng)”階段再分為“學(xué)科類層面培養(yǎng)”和“學(xué)科層面培養(yǎng)”兩個階段，并在原有的“專業(yè)分流”和“多元培養(yǎng)分流”前面增加了“學(xué)科分流”路徑。