“三海一核”（即船舶工業(yè)、海軍裝備、海洋開發(fā)、核能應(yīng)用）特色和優(yōu)勢(shì)是學(xué)校在長(zhǎng)期辦學(xué)實(shí)踐中積淀形成的立校之本、興校之源、強(qiáng)校之基。

50年代末，陳賡院長(zhǎng)就提出了“尖端集中、常規(guī)分散”的辦學(xué)思想，集中優(yōu)勢(shì)、猛攻尖端，成為“哈軍工”在短期內(nèi)實(shí)現(xiàn)跨越發(fā)展的重要因素之一；“哈船院”時(shí)期，學(xué)校在“為海軍建設(shè)服務(wù)，為造船工業(yè)服務(wù)”的辦學(xué)方略指引下，迅速發(fā)展壯大，被確定為全國重點(diǎn)大學(xué)；80至90年代，學(xué)?？朔щy，穩(wěn)步提升，在船舶工業(yè)、海軍裝備技術(shù)和海洋開發(fā)等國家戰(zhàn)略性領(lǐng)域做出了獨(dú)特的重要貢獻(xiàn)，以鮮明的“三?！保ê＿\(yùn)、海防、海洋）特色，進(jìn)入首批國家“211工程”建設(shè)高校行列；20世紀(jì)末，學(xué)校歸屬發(fā)生變化，成為原國防科工委委屬大學(xué)中唯一擁有核學(xué)科的大學(xué)?；趯?duì)學(xué)校歷史優(yōu)勢(shì)和國家需求的前瞻性思考，新世紀(jì)初學(xué)校正式確立“三海一核”辦學(xué)特色，從二次黨代會(huì)“三海一核”特色辦學(xué)理念，再到三次黨代會(huì)上升為全面指導(dǎo)辦學(xué)實(shí)踐的核心方略，學(xué)校找準(zhǔn)了一條體現(xiàn)優(yōu)勢(shì)、特色發(fā)展的辦學(xué)之路。

學(xué)校堅(jiān)持把“三海一核”辦學(xué)方略體現(xiàn)在辦學(xué)指導(dǎo)思想中，落實(shí)到辦學(xué)實(shí)踐中，逐步形成了學(xué)科專業(yè)建設(shè)導(dǎo)向“三海一核”、人才培養(yǎng)面向“三海一核”、科學(xué)研究指向“三海一核”、社會(huì)服務(wù)走向“三海一核”的辦學(xué)格局。學(xué)校黨委將2016年確定為“三海一核”辦學(xué)特色體系化建設(shè)年，提出“三海一核”辦學(xué)特色體系化建設(shè)將著力從學(xué)科專業(yè)、人才培養(yǎng)、科技創(chuàng)新、隊(duì)伍建設(shè)、文化體系和制度體系五個(gè)方面形成體系化的舉措來發(fā)展“三海一核”，使“三海一核”辦學(xué)特色，貫穿于學(xué)校人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、社會(huì)服務(wù)和文化傳承創(chuàng)新的各項(xiàng)功能。學(xué)?！笆濉币?guī)劃提出到2020年左右，基本建成特色鮮明的高水平研究型大學(xué)，船核特色學(xué)科群達(dá)到或接近世界一流，學(xué)校成為我國“三海一核”領(lǐng)域最具品牌影響力的高層次人才培養(yǎng)基地、若干學(xué)科科技水平的標(biāo)志、若干重要科技成果轉(zhuǎn)化的源頭，成為國家工業(yè)化、信息化和國防現(xiàn)代化建設(shè)不可或缺的重要支撐。

建校以來，學(xué)校培養(yǎng)的7萬多名畢業(yè)生有3萬多名輸送到“三海一核”行業(yè)，“十二五”期間，畢業(yè)生在國防系統(tǒng)單位就業(yè)比例始終保持在40%以上，他們陸續(xù)成為這些行業(yè)的科技精英和管理精英。據(jù)統(tǒng)計(jì)，在船舶工業(yè)系統(tǒng)140多家單位中，技術(shù)和管理領(lǐng)軍人才約有40%畢業(yè)于哈爾濱工程大學(xué)；國防工業(yè)“兩總”（總指揮、總工程師）人才中哈爾濱工程大學(xué)畢業(yè)生占5.6%。我國首個(gè)自主研制的“蛟龍?zhí)枴陛d人潛器，3名潛航員中2人為哈爾濱工程大學(xué)校友。哈工程已經(jīng)成為我國“三海一核”領(lǐng)域最大的高層次人才培養(yǎng)基地和重要的科學(xué)研究基地。學(xué)校多次受到工信部和教育部表彰，航天科技集團(tuán)、核工業(yè)集團(tuán)等單位多次授予哈爾濱工程大學(xué)“輸送人才突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”，中組部、總裝備部等五部委聯(lián)合授予學(xué)校“高技術(shù)武器裝備發(fā)展建設(shè)工程突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”和“航母建設(shè)突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”。