1983年8月，江蘇省人民政府正式批復(fù)南京市人民政府，同意籌辦南京財(cái)貿(mào)學(xué)院。

1987年5月，學(xué)校改由審計(jì)署與南京市人民政府聯(lián)合辦學(xué)，與江蘇省教委共同管理，同時(shí)更名為南京審計(jì)學(xué)院。

1990年12月，學(xué)校改為審計(jì)署直屬高等院校，實(shí)行審計(jì)署、江蘇省和南京市共同領(lǐng)導(dǎo)，以審計(jì)署為主的領(lǐng)導(dǎo)體制。

1993年2月，經(jīng)國家教委批準(zhǔn)，學(xué)校改建為本科院校，仍實(shí)行由審計(jì)署和江蘇省人民政府雙重領(lǐng)導(dǎo)，以審計(jì)署為主的領(lǐng)導(dǎo)管理體制。

1998年11月，學(xué)校成立“ACCA（英國特許公認(rèn)會(huì)計(jì)師公會(huì)）培訓(xùn)中心”及“ACCA南京考試中心”。

1999年11月，學(xué)校通過教育部本科教學(xué)工作合格評(píng)估。

2000年2月，學(xué)校劃轉(zhuǎn)為江蘇省教委直屬高校，辦學(xué)管理體制調(diào)整為省屬共建，以江蘇省管理為主。

2002年4月，南京金融高等?？茖W(xué)校并入，組建新的南京審計(jì)學(xué)院。

2003年，學(xué)院新校區(qū)征地獲批準(zhǔn)，選址于南京市浦口區(qū)珠江鎮(zhèn)，背靠老山森林公園，前臨長江，總規(guī)模為75公頃，建筑面積40萬平方米。

2003年11月，學(xué)校與南京大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)碩士學(xué)位研究生。首批招收會(huì)計(jì)學(xué)、國民經(jīng)濟(jì)學(xué)碩士研究生25名。

2005年2月，學(xué)校舉行新校區(qū)開工奠基儀式。同年10月，學(xué)生入住新校區(qū)新建校舍。

2005年6月，教育部批準(zhǔn)南京審計(jì)學(xué)院金審學(xué)院轉(zhuǎn)制為獨(dú)立學(xué)院。

2006年6月，南京審計(jì)大學(xué)召開第二次黨代會(huì)，確立了到2020年把南京審計(jì)大學(xué)建成國內(nèi)外有重要影響的特色名校的戰(zhàn)略目標(biāo)。

2007年4月，教育部本科教學(xué)水平評(píng)估專家組進(jìn)校對(duì)南京審計(jì)大學(xué)本科教學(xué)水平進(jìn)行全面評(píng)估，南京審計(jì)大學(xué)十九個(gè)一級(jí)指標(biāo)獲得十八個(gè)A，一個(gè)B的優(yōu)秀成績。

2008年8月，南京審計(jì)大學(xué)會(huì)計(jì)學(xué)、國民經(jīng)濟(jì)學(xué)、金融學(xué)、行政管理、政治經(jīng)濟(jì)學(xué)、法學(xué)理論和企業(yè)管理共7個(gè)學(xué)科被評(píng)為江蘇省重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科。

2008年9月，南京審計(jì)大學(xué)榮獲“培養(yǎng)ACCA人才最多的大學(xué)”獎(jiǎng)。

2010年4月，南京審計(jì)大學(xué)被批準(zhǔn)為新增碩士學(xué)位授予立項(xiàng)建設(shè)單位。其中，工商管理、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、理論經(jīng)濟(jì)學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科為立項(xiàng)建設(shè)授權(quán)學(xué)科，公共管理、法學(xué)、數(shù)學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科為立項(xiàng)建設(shè)支撐學(xué)科。

2011年8月，學(xué)校成為“三部一省”即教育部、財(cái)政部、審計(jì)署、江蘇省人民政府共建高校，通過共建形式，支持南京審計(jì)學(xué)院建成高水平特色大學(xué)。

2011年8月，南京審計(jì)大學(xué)ACCA培訓(xùn)中心正式晉級(jí)為全球“ACCA白金級(jí)培訓(xùn)機(jī)構(gòu)”。

2012年7月，學(xué)校召開第三次黨代會(huì)，共商創(chuàng)建特色名校大計(jì)。

2013年7月，南京審計(jì)大學(xué)被批準(zhǔn)為碩士學(xué)位（學(xué)術(shù)學(xué)位）授予單位，工商管理、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、理論經(jīng)濟(jì)學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科被批準(zhǔn)為授權(quán)學(xué)科。

2014年10月，南京審計(jì)大學(xué)與先鋒書局共建的浚園“先鋒潤澤書局”正式開業(yè)，“浚園”捐獻(xiàn)者、1984級(jí)杰出校友朱林楠等出席發(fā)布會(huì)。

2015年5月，全國審計(jì)專業(yè)學(xué)位研究生教育指導(dǎo)委員會(huì)發(fā)布審計(jì)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)專項(xiàng)評(píng)估工作方案，南京審計(jì)大學(xué)審計(jì)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)專項(xiàng)評(píng)估綜合得分排名全國第一。

2015年10月26日，教育部同意南京審計(jì)學(xué)院更名為南京審計(jì)大學(xué)。

2015年12月12日，學(xué)校正式啟用新校名：南京審計(jì)大學(xué)。

2016年3月，學(xué)校編制出臺(tái)《南京審計(jì)大學(xué)“十三五”教育事業(yè)發(fā)展規(guī)劃綱要》，配套制定了《南京審計(jì)大學(xué)“十三五”學(xué)科建設(shè)規(guī)劃》、《南京審計(jì)大學(xué)“十三五”專業(yè)建設(shè)規(guī)劃》、《南京審計(jì)大學(xué)“十三五”師資隊(duì)伍建設(shè)規(guī)劃》等5個(gè)專項(xiàng)規(guī)劃。

2016年，學(xué)校實(shí)施“國家審計(jì)高端人才引進(jìn)培養(yǎng)計(jì)劃”。截止12月底，全年共引進(jìn)或特聘人才99人，其中全職引進(jìn)教育部長江學(xué)者4人，特聘長江學(xué)者4人，特聘國際知名學(xué)者1人，特聘-學(xué)者1人。